Pour ces chercheurs sur la grippe aviaire, le travail est une journée à la plage très "Icky"

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Le virus H5N1 représente "une grande menace inconnue" pour les oiseaux et les humains. La comprendre et la contrecarrer commence par la collecte des excréments.

Par Émilie Anthès

Reportage du sud du New Jersey.

Ce fut une journée glorieuse pour le travail de terrain sur les rives de la baie du Delaware. Le soleil de fin d'après-midi projetait une lueur chaleureuse sur la plage en pente douce. La marée descendante a révélé quelques coquillages. Les herbes des dunes bruissaient dans la brise. Les vignes de la plage étaient en fleurs. Et les excréments d'oiseaux étaient frais et abondants.

"En voici une", a déclaré Pamela McKenzie, chercheuse à l'hôpital de recherche pour enfants St. Jude à Memphis, pointant un doigt ganté vers une petite tache blanche, puis une autre. "Il y en a un, il y en a un, il y en a un."

Pendant les deux heures suivantes, le Dr McKenzie et ses collègues ont rampé le long du rivage, ramassant des excréments d'oiseaux. Leur objectif : garder une longueur d'avance sur la grippe aviaire, un groupe de virus adaptés aux oiseaux dont les experts craignent depuis longtemps qu'ils pourraient évoluer pour se propager facilement parmi les humains et potentiellement déclencher la prochaine pandémie.

Chaque printemps, cette partie du sud du New Jersey devient un point chaud de la grippe aviaire. Les oiseaux de rivage se dirigent vers le nord et se posent sur les plages locales pour se reposer et faire le plein, excrétant le virus en cours de route.Et chaque année depuis quatre décennies, des scientifiques de St. Jude se sont envolés pour la ville pour les récupérer.

Le travail demande de la patience - attendre que les mouvements des oiseaux et les mouvements des marées s'alignent - des yeux perçants et des genoux résilients, suffisamment solides pour résister à des heures de brassage et d'accroupissement le long des rivages parfois accidentés. "Ce ne sont pas de belles plages de sable", a déclaré Lisa Kercher, membre de l'équipe de St. Jude. "Ce sont des plages épaisses, boueuses et dégueulasses qui regorgent de déjections d'oiseaux."

Mais ces rivages couverts de déjections aident les scientifiques à en savoir plus sur l'évolution de la grippe aviaire, son comportement dans la nature et ce qu'il faudrait pour que ces virus d'oiseaux deviennent une menace mondiale pour la santé publique. Ces questions scientifiques, qui ont guidé l'équipe de St. Jude pendant des décennies, sont devenues encore plus urgentes alors que les États-Unis sont aux prises avec la plus grande épidémie de grippe aviaire de leur histoire, causée par une nouvelle version hautement pathogène d'un virus connu sous le nom de H5N1.

"La baie du Delaware est devenue une mine d'or pour la grippe", a déclaré Robert Webster, l'expert de la grippe de St. Jude qui a découvert le point chaud en 1985. Il est revenu, ou ses collègues l'ont fait, chaque année depuis. "Et nous continuerons à exploiter cette mine d'or jusqu'à ce que nous ayons trouvé les réponses."

En juin, la côte sud du New Jersey se remplit de familles en vacances, leurs parasols colorés poussant sur le sable.

Mais en mai, les plages appartiennent aux oiseaux. Des centaines de milliers d'oiseaux de rivage et de goélands migrateurs s'arrêtent ici en route vers leurs aires de reproduction estivales, certains arrivant, débraillés et épuisés, après des voyages de plusieurs jours depuis l'Amérique du Sud. "Ils ont désespérément besoin de reconstituer leur poids",a déclaré Lawrence Niles, un biologiste de la faune qui dirige des projets locaux de conservation des oiseaux de rivage par le biais de sa société, Wildlife Restoration Projects.

Heureusement, les oiseaux arrivent juste au moment où des hordes de limules se hissent sur le rivage, pondant des œufs par milliers. Les oiseaux pourraient passer deux semaines à se gaver d'œufs verts gélatineux, "doublant presque leur poids corporel", a déclaré le Dr Niles. Pendant ce temps, ils recouvrent les plages, se mêlent aux oiseaux locaux et, comme des enfants dans une classe surpeuplée, se transmettent la grippe.

Les oiseaux aquatiques sauvages - y compris les canards, les goélands et les oiseaux de rivage - sont les réservoirs naturels des virus de la grippe A, qui se présentent sous divers sous-types. Généralement, les oiseaux sauvages sont porteurs de versions relativement bénignes de ces virus, qui représentent peu de menace immédiate pour les oiseaux ou les humains. Mais les virus de la grippe peuvent changer rapidement, accumuler de nouvelles mutations et échanger du matériel génétique. Ces changements peuvent, et parfois le font, transformer un virus ho-hum en un virus mortel, comme la version du H5N1 qui circule actuellement.

La plupart du temps, la grippe circule chez les oiseaux de rivage et les goélands à de faibles niveaux, se présentant souvent dans moins d'un pour cent des échantillons. Mais dans la baie du Delaware en mai et début juin, il explose, passant facilement d'oiseau en oiseau. Au fil des ans, l'équipe de St. Jude l'a trouvé dans 12 % de ses échantillons, en moyenne, bien que ce chiffre ait grimpé jusqu'à 33 %. Ils ont trouvé presque tous les sous-types de la grippe A, en plus de nouveaux remixes, qui peuvent apparaître lorsqu'un animal est infecté par plus d'une version du virus à la fois.

Pour garder un œil sur ce qui circule, les scientifiques de St. Jude travaillent en étroite collaboration avec le Dr Niles et ses collègues, qui utilisent l'escale printanière comme une occasion d'évaluer la santé des oiseaux de rivage, qui font face à une variété de menaces, du changement climatique à la surexploitation des limules. Le Dr Niles et son équipe se rendent généralement d'abord sur les plages pour compter, attraper, examiner et étiqueter les oiseaux. Ils transmettent ensuite les allées et venues des oiseaux à l'équipe de nettoyage des oiseaux qui chasse la grippe. "Nous sortirons ensuite et ramasserons le caca", a déclaré le Dr Kercher.

Mais lors de la première journée complète de travail sur le terrain de l'équipe ce printemps, au moment où les écologistes avaient terminé leur travail, la marée était de retour. Ainsi, pendant des heures, les scientifiques de St. Jude ont attendu leur heure, attendant que l'eau se retire et en espérant qu'ils pourraient encore trouver des troupeaux. "Nous sommes à la merci des oiseaux, et les oiseaux ne nous disent pas ce qu'ils font", a déclaré le Dr Kercher.

Il était presque 16 heures lorsqu'ils ont finalement dévalé une route de gravier, passé les forêts de pins et les marais, et sont arrivés sur une plage locale, où des oiseaux de rivage avaient été repérés plus tôt.

Le Dr McKenzie, vêtu d'un jogging noir et d'un haut gris à capuche en tricot gaufré, est sorti de la voiture et a inspecté la plage. Des limules s'étendaient le long de la ligne de marée haute. Au loin, une volée de petits oiseaux sabordaient dans l'eau. Le Dr McKenzie a levé ses jumelles. Bingo : C'étaient des tournepierres rousse, des bécasseaux dont les marques tricolores sont parfois comparées à celles d'un chat calicot. Ces oiseaux, a appris l'équipe de St. Jude, sont particulièrement susceptibles d'être porteurs de virus grippaux.

Les scientifiques ont enfilé des gants et des masques, une mesure de sécurité récemment ajoutée. "Ce n'est pas quelque chose que nous avons fait dans le passé", a déclaré le Dr McKenzie, "mais c'est une année unique."

La nouvelle souche H5N1 est apparue pour la première fois en Amérique du Nord fin 2021 et s'est propagée rapidement à travers le continent. Elle a entraîné la mort de près de 60 millions d'oiseaux d'élevage, tué des dizaines d'oiseaux sauvages et même abattu des mammifères malchanceux, des renards roux aux phoques gris.

L'équipe de St. Jude n'a trouvé aucune trace de H5N1 dans la baie du Delaware au printemps dernier. Mais à l'époque, le virus n'avait pas encore atteint les aires d'hivernage sud-américaines des oiseaux de rivage. À ce printemps, il l'avait fait, ce qui signifie que les oiseaux pouvaient le ramener avec eux. "Nous sommes absolument inquiets que cela se manifeste", a déclaré le Dr Kercher.

Les scientifiques ont donc doublé leur surveillance, visant à collecter 1 000 échantillons fécaux au lieu de leurs 600 standards. Ils ont commencé à se frayer un chemin sur la plage, les yeux baissés alors qu'ils cherchaient les bonnes taches blanches. Aucune fiente ne ferait l'affaire; il devait s'agir d'excréments frais, idéalement de tournepierres rouges et de nœuds rouges, une autre espèce de bécasseau. Les scientifiques sont devenus doués pour distinguer les deux types de déjections. "Les pierres tournantes sont principalement des bûches", a déclaré le Dr McKenzie. "Les nœuds rouges ont plus un splat."

Lorsque les scientifiques ont repéré une tache appropriée, ils sont tombés à genoux et ont dégainé des écouvillons à bout rond. Parfois, il a fallu quelques essais pour réussir à prélever un échantillon. "Ce n'est pas la technique la plus facile avec ces outils," a déclaré Patrick Seiler, membre de l'équipe de recherche. "Dans le vent qui souffle, j'essaie de ramasser du caca et de le mettre dans une petite fiole."

Ils ont rangé les échantillons dans une petite glacière en plastique, du genre de celles qu'un vacancier pourrait apporter sur ces mêmes plages. Plus tard, les échantillons seraient renvoyés au laboratoire de Memphis pour être testés et analysés.

En règle générale, les chercheurs séquencent les virus qu'ils trouvent, recherchent des mutations notables et tracent leur évolution dans le temps, puis sélectionnent un sous-ensemble à étudier dans différents types de cellules et de modèles animaux. Au cours des dernières décennies, ce travail a aidé les scientifiques à en savoir plus sur ce à quoi ressemblent les virus de la grippe aviaire "ordinaires" et sur leur comportement, a déclaré Richard Webby, un expert de la grippe au sein de l'équipe St. Jude.

Cela les a également aidés à repérer les valeurs aberrantes. "Et cela nous mène à une poursuite", a déclaré le Dr Webby, qui peut finir par révéler "quelque chose sur la biologie fondamentale de ces virus". En 2009, certains des virus qu'ils ont découverts se sont avérés étonnamment efficaces pour se propager parmi les furets. Une étude plus approfondie de ces virus a aidé les chercheurs à identifier les mutations génétiques qui pourraient faciliter la transmission aérienne de la grippe chez les mammifères.

Si l'équipe découvre le H5N1 cette année, le Dr Webby et ses collègues rechercheront les changements que le virus aurait pu acquérir en se déplaçant parmi les oiseaux de rivage, ainsi que ceux qui pourraient le rendre plus dangereux pour l'homme ou résistant aux vaccins et aux traitements.

Le virus a déjà nettement évolué depuis son arrivée en Amérique du Nord, ont rapporté le Dr Webby et ses collègues dans un article récent, basé sur l'analyse d'échantillons viraux isolés d'oiseaux en dehors de la région de la baie du Delaware. Les nouvelles variantes qu'ils ont trouvées n'ont pas acquis la capacité de se propager facilement parmi les mammifères, mais certaines sont capables de provoquer de graves symptômes neurologiques chez les mammifères infectés.

Si le virus apparaît dans les échantillons de la baie du Delaware cette année, ce sera encore un autre signe que le H5N1 s'implante de plus en plus en Amérique du Nord. Cela pourrait également causer des problèmes à certains oiseaux de rivage, en particulier les bécasseaux maubèches, dont le nombre a chuté précipitamment au cours des dernières décennies. Pour ces oiseaux, le H5N1 est "une grande menace inconnue", a déclaré le Dr Niles.

Et donc, bien que le processus de collecte des excréments reste aussi peu glamour que jamais, les enjeux sont importants alors que les scientifiques avancent sur la plage.

Tout ce qu'ils peuvent dire, c'est qu'ils n'ont pas encore trouvé le nouveau virus H5N1. "Mais cela ne veut pas dire que nous ne le ferons pas", a déclaré le Dr McKenzie, ramassant soigneusement les indices scatologiques laissés par les oiseaux. "Je suppose que nous allons le découvrir."

Emily Anthes est journaliste au Times, où elle se concentre sur la science et la santé et couvre des sujets tels que la pandémie de coronavirus, les vaccinations, les tests de virus et Covid chez les enfants.

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