Enquête sur le risque pour la santé humaine de l'influenza aviaire (influenza A H5N1) en Angleterre : briefing technique 4

Mis à jour le 2 juin 2023

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L'agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA) travaille avec l'agence de santé animale et végétale (APHA), le ministère de l'environnement, de l'alimentation et des affaires rurales (Defra) et les agences de santé publique des 4 nations pour enquêter sur le risque pour la santé humaine de grippe aviaire (grippe A H5N1) en Angleterre. Ce briefing est produit pour partager des données utiles à d'autres chercheurs en santé publique et partenaires universitaires entreprenant des travaux connexes. Il comprend des preuves préliminaires et des analyses préliminaires susceptibles d'être modifiées.

Les données rapportées dans le briefing technique sont en date du 23 mai 2023 (ou comme spécifié dans le texte) pour laisser le temps à l'analyse.

L'évaluation des risques au Royaume-Uni reste au niveau 3 (transmission mammifère limitée, niveau de confiance faible), comme décrit dans le briefing technique précédent.

Lors de la notification de locaux avicoles infectés par une infection par le virus de la grippe A hautement pathogène (HPAIV), l'UKHSA déploie l'équipe d'enquête rapide. L'équipe obtient le consentement de ceux qui travaillent ou sont autrement présents à l'intérieur de la ligne de périmètre de biosécurité, observe un auto-écouvillon de base (jour 0) et fournit des auto-écouvillons pour le retour postal les jours 2, 5 et 8. Le protocole sera publié sur GOV.UK en temps voulu.

Le programme a été lancé en mars 2023. Au 23 mai 2023, 85 personnes ont participé à partir de 5 sites avec des éclosions de grippe A (H5N1) et des activités d'abattage. Cela équivaut à 70 % des personnes dont on sait qu'elles se trouvaient dans la zone de biosécurité de ces sites, y compris les travailleurs agricoles et les travailleurs supplémentaires qui effectuent l'abattage.

Cent vingt-deux individus ont été identifiés comme ayant été dans la zone de biosécurité sur les 5 sites inclus à ce jour. Parmi eux, 85 ont participé au programme de surveillance. Deux détections humaines de la grippe A (H5N1) 2.3.4.4b ont été confirmées à partir d'un site.

Le jour 0 est le jour du recrutement pour l'étude et se produit généralement un jour où l'individu travaille dans les locaux infectés. La grippe A a été détectée sur un seul échantillon du jour 0 prélevé sous surveillance à l'extérieur du périmètre de biosécurité (sous-types H1 et H3 non détectés, H5 détecté par test de réaction en chaîne par polymérase (PCR)). La culture du virus a échoué. L'analyse génomique a confirmé la grippe A (H5N1) 2.3.4.4b avec le génome partiel disponible compatible avec AIV48.

Deux échantillons subséquents de nez et de gorge au jour 2 (auto-prélevés) et au jour 3 (prélevés par un professionnel de la santé) se sont révélés négatifs pour la grippe A. L'individu est resté asymptomatique tout au long.

Les résultats à ce jour, dans le cadre d'une exposition de l'individu à la ferme le jour même du prélèvement, suggèrent que cette détection pourrait être due à une contamination temporaire des voies respiratoires supérieures acquise par exposition à des oiseaux infectés ou au milieu environnant, plutôt qu'une infection prolongée.

Le deuxième individu a également été recruté lors d'une journée de travail dans les locaux infectés, le jour 0. Suite à des tests négatifs au jour 0 et au jour 2, l'individu a prélevé 2 autres écouvillons auto-prélevés au jour 4 et au jour 5 (pas tout à fait conforme au protocole ).

La grippe A a été détectée par PCR en temps réel (RT) dans les échantillons des jours 4 et 5 dans 2 laboratoires de l'UKHSA ; le sous-typage était négatif pour H1 et H3, et positif pour H5, sur 2 tests indépendants spécifiques à H5 (Spackman et ses collègues, 2002 ; Slomka et ses collègues, 2007). Ces détections étaient proches de la limite de détection (valeur du seuil de cycle (Ct) supérieure à 30). La culture du virus a échoué. Un génome complet a été séquencé et a confirmé le génotype AIV48 de la grippe A (H5N1) 2.3.4.4b. Un autre écouvillon a été prélevé sur la personne dont le test de grippe A et H5 était négatif.

L'individu est resté asymptomatique tout au long. Ces résultats sont considérés comme ayant une signification incertaine, mais pourraient être compatibles avec une infection, sur la base de laquelle des mesures de précaution de santé publique ont été prises.

Pour la détection 1, une surveillance passive des contacts étroits a été entreprise. Tous les contacts étroits sont restés cliniquement asymptomatiques. D'autres contacts ont été suivis dans le cadre de l'étude.

Pour la détection 2, la recherche des contacts a été lancée sur une base de précaution et les contacts ont été gérés en fonction de leur niveau d'exposition au risque, y compris la surveillance active ou passive, l'isolement, les antiviraux et les tests. Vingt contacts ont été identifiés. Tous sont restés asymptomatiques. Quinze des 20 contacts étaient accessibles pour les tests et tous ont été testés négatifs.

Le séquençage du génome viral a été réalisé sur un échantillon de volaille de la ferme et les 2 détections humaines. Les données de séquence pour les 8 segments ont été produites pour l'échantillon de volaille (Global Initiative on Sharing All Influenza Data (GISAID) numéro d'accession EPI_ISL_17657734) et la deuxième détection humaine, appelée détection 2 (GISAID EPI_ISL_17736649). Des données de séquence partielle (segments hémagglutinine (HA), neuraminidase (NA) uniquement) ont été produites pour la première détection humaine, appelée détection 1 (GISAID EPI_ISL_17736680).

Le segment HA était disponible pour le cas aviaire et les deux détections humaines. Tous les 3 ont été identifiés comme étant le clade 2.3.4.4b, qui est le clade H5 HPAIV actuellement prédominant circulant au Royaume-Uni et dans le monde. Le génotype a pu être établi pour l'échantillon aviaire et la détection 2 car les 8 segments ont été séquencés avec succès. Ceux-ci ont été identifiés comme génotype AIV48, également connu sous le nom de génotype A/gull/France/22P015977/2022-like. Le génotype AIV48 a été détecté pour la première fois au Royaume-Uni en juin 2022, avec une détection de faible niveau en Grande-Bretagne (Angleterre, Écosse et Pays de Galles) et les dépendances de la Couronne (île de Man et Jersey) depuis lors, dont 25 cas de volaille, 3 oiseaux captifs ou réhabilités, 11 oiseaux sauvages et 2 mammifères (renards) pour lesquels des données de séquence sont disponibles.

Les données de séquence disponibles pour la détection 1 sont cohérentes avec le génotype AIV48 mais ne peuvent pas être confirmées en raison de segments de gènes manquants.

Les données de séquence concaténées pour tous les segments des 2 génomes complets (avien et détection 2) ont été placées dans une phylogénie avec toutes les séquences UK (décembre 2020 à avril 2023) et GISAID H5N1 (novembre 2016 à avril 2023). Les séquences aviaires et de détection 2 de la ferme se trouvent dans un clade contenant d'autres génomes britanniques AIV48, ainsi que d'autres séquences européennes.

Les séquences du génome ont été comparées au premier génome AIV48 détecté au Royaume-Uni (EPI_ISL_13782459 : A/H5N1 A/chicken/England/085598/2022) pour identifier les substitutions d'acides aminés dans les séquences. La séquence aviaire de cette ferme avicole contient 16 changements d'acides aminés par rapport à la séquence de référence AIV48, comme décrit dans le tableau 1.

La séquence de la détection 2 contient tous les changements non synonymes présents dans le génome de l'échantillon aviaire, avec une mutation supplémentaire (NP : S310N) et à un endroit, la séquence ne peut pas être appelée en raison d'une couverture insuffisante (NA : N2S) ( Tableau 1). Les données de séquence partielle de la détection 1 ont également été examinées et étaient cohérentes avec les 2 autres génomes pour lesquels il y avait suffisamment de données de séquence. Aucune mutation supplémentaire n'a été observée dans les données de séquence disponibles pour la détection 1.

Une variation est attendue au sein de chaque génotype; cependant, d'autres analyses sont en cours et les données ont été partagées avec des partenaires de laboratoire pour l'évaluation de toute signification phénotypique.

Un tiret (-) indique une couverture insuffisante à cette position.

Un astérisque (*) indique une mutation qui a été identifiée dans la référence AIV48 uniquement et pas dans d'autres génomes AIV48.

Le sous-type dominant circulant dans les espèces aviaires à travers l'Angleterre continue d'être la grippe aviaire hautement pathogène (IAHP) A(H5N1).

Depuis le début de la saison 2022 à 2023, l'APHA a confirmé l'IAHP (H5N1) chez des espèces de volailles dans 154 exploitations en Angleterre et chez des oiseaux sauvages de 526 emplacements. Depuis la dernière mise à jour (données entre le 15 mars 2023 et le 23 mai 2023), il y a eu 6 nouveaux locaux infectés et des détections dans 68 autres sites d'oiseaux sauvages. De plus amples informations sur la dernière mise à jour de la situation de la grippe aviaire en Angleterre sont publiées en ligne.

Le nombre de détections dans les locaux infectés reste relativement faible par rapport à la période précédant la mise en place de l'arrêté d'hébergement. La fréquence des détections de l'influenza aviaire chez les oiseaux sauvages est relativement faible par rapport aux niveaux au début de la période de déclaration en 2022, mais a maintenu sa propagation géographique à travers l'Angleterre (figures 1a et 1b). L'évaluation conjointe du DEFRA et de l'APHA indique qu'il continue d'y avoir un niveau élevé de transmission de la grippe chez les oiseaux sauvages à travers le Royaume-Uni.

Ces cartes contiennent des données de statistiques nationales © Crown copyright and database right 2022.

Q4 (2022) = Trimestre 4 (1er octobre 2022 au 31 décembre 2022)

Q1 (2023) = Trimestre 1 (1er janvier 2023 au 31 mars 2023)

T2 (2023) = Trimestre 2 (du 1er avril 2023 au 30 juin 2023, date de clôture des données le 23 mai 2023)

Aucune donnée supplémentaire n'est disponible pour ces chiffres afin d'éviter une divulgation déductive.

Sur 18 mammifères sauvages testés pour la grippe A(H5N1) depuis la dernière mise à jour (données au 15 mars 2023), il n'y a eu aucune nouvelle détection de mammifère au Royaume-Uni. La surveillance de l'APHA a détecté la grippe A(H5) chez 23 des 247 mammifères sauvages collectés depuis octobre 2021 (Figure 2).

Les données utilisées dans ce graphique se trouvent dans la feuille de calcul ci-jointe.

Il y a des rapports continus de détections chez les mammifères à l'échelle internationale (figure 3). Celles-ci ne semblent pas augmenter en fréquence bien qu'il n'y ait pas d'approche standardisée de surveillance ou de notification.

Les données utilisées dans ce graphique se trouvent dans la feuille de calcul ci-jointe. Les données proviennent de la base de données d'analyse des renseignements épidémiques sur les infections émergentes et les zoonoses à partir de rapports officiels et non officiels (y compris les rapports des médias), qui peuvent inclure un petit nombre d'entrées en double en raison d'informations incomplètes. La date de l'événement indique la date de collecte lorsqu'elle est connue ou la date de notification lorsque la date de collecte est inconnue.

Les expositions humaines à la grippe aviaire font l'objet d'une évaluation des risques par les équipes de protection de la santé de l'UKHSA (HPT). Ces équipes gèrent et enregistrent les expositions dans le système d'information sur les flambées HPZone, comme détaillé dans les briefings techniques précédents.

Depuis le dernier briefing technique, 136 autres épisodes d'exposition à travers l'Angleterre ont été saisis dans HPZone. Des conseils sur l'interprétation des données HPZone ont été publiés dans des notes d'information techniques précédentes.

Les informations sont également collectées par les HPT à l'aide de formulaires de surveillance, comme décrit dans le briefing technique 1, avec des mises en garde sur l'exhaustivité et le décalage. Entre le 1er octobre 2022 et le 23 mai 2023, des informations ont été renvoyées pour 283 (41,8 %) des 677 incidents de cette saison (les individus peuvent être enregistrés dans plus d'un événement s'ils sont exposés plusieurs fois). Plus de la moitié des formulaires de surveillance reçus des HPT concernent des incidents avec des oiseaux sauvages (171 sur 283 formulaires retournés). Les incidents impliquant des oiseaux sauvages impliquent souvent moins d'individus exposés.

L'utilisation d'équipements de protection individuelle (EPI) a été signalée dans 730 (22,24 %) expositions. Une prophylaxie antivirale a été signalée pour 305 expositions (9,29 %). Pour les individus déclarant des symptômes pseudo-grippaux, 51 prélèvements symptomatiques ont été réalisés (73,9% des éligibles dans cette catégorie) ; tous les tests ont été déclarés négatifs pour la grippe A(H5).

Douze cas humains de A(H5N1) ont été signalés par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) depuis décembre 2021. Cela comprend 3 nouveaux cas depuis le dernier briefing technique (2 détections en Angleterre (voir section 1) et un cas au Chili) . Aucune transmission interhumaine liée à ces cas n'a été signalée. Voir le tableau 2 pour un résumé des cas par pays et par clade.

Depuis le dernier briefing technique, un cas a été signalé au Chili et 2 autres cas en Angleterre, comme indiqué ci-dessus. Le cas du Chili était grave et aurait résidé à proximité d'une importante mortalité massive de mammifères marins et d'oiseaux. Des détails sur d'autres cas peuvent être trouvés dans les briefings techniques précédents.

L'UKHSA continue d'effectuer une analyse prospective des rapports épidémiologiques concernant la grippe émergente chez les humains et les animaux.

L'UKHSA reçoit des échantillons cliniques positifs pour la grippe envoyés par le NHS et les laboratoires régionaux de santé publique (PHL) pour le séquençage du génome entier, l'isolement du virus et la caractérisation antigénique, toute l'année. Ceci est décrit plus en détail dans le briefing technique 1. La sensibilité de ce système de détection des virus émergents est actuellement en cours d'évaluation.

Entre le 3 octobre 2022 et le 31 mai 2023, 136 échantillons positifs pour la grippe A et non sous-typables localement ou dans les laboratoires régionaux ont été référés à l'Unité des virus respiratoires de l'UKHSA. Parmi ceux-ci, 80 % (n = 109) ont été caractérisés comme des virus saisonniers H1 ou H3, 15 % (n = 20) n'ayant aucun virus détecté et 5 % (n = 7) comme ayant une charge virale détectable mais insuffisante pour obtenir un sous-typage. résultat.

Données relatives à la surveillance de la santé animale et aux enquêtes menées dans toute l'Angleterre obtenues auprès de l'APHA. Cela comprend les données de surveillance des oiseaux sauvages, les déclarations de maladies à déclaration obligatoire dans les locaux infectés et les détections chez les mammifères.

Les données sur les signalements internationaux de mammifères proviennent de la base de données d'analyse des renseignements épidémiques sur les infections émergentes et les zoonoses de l'UKHSA à partir de rapports officiels et non officiels (y compris les rapports des médias).

Les formulaires de surveillance sont remplis par les HPT de l'UKHSA pour chaque environnement confirmé (y compris les environnements de volaille et d'oiseaux sauvages) ; cela comprend le suivi des personnes exposées et les détails de l'exposition. Les données sont complétées par des dossiers de laboratoire pour les tests respiratoires détenus par l'UKHSA.

Les détails des personnes exposées sont également collectés à partir de HPZone, le système de gestion des cas de l'UKHSA.

Les données de surveillance internationale des cas humains de grippe aviaire sont communiquées par l'Organisation mondiale de la santé en vertu du Règlement sanitaire international et systématiquement rassemblées par l'UKHSA.

Rachel Abbey, Wendy Barclay, Paula Blomquist, Ian Brown, Alexander Byrne, Fernando Capelastegui, Lorenzo Cattarino, Meera Chand, Neil Cunningham, Eileen Gallagher, Natalie Groves, Berkin Hack, Katja Hoschler, Susan Hopkins, Kate Howell, Joe James, Angie Lackenby , Anissa Lakhani, Steven Riley, Anika Singanayagam, Nick Watkins.

Le groupe technique sur la grippe aviaire comprend des membres ayant une expertise dans les maladies infectieuses cliniques, la recherche clinique, l'épidémiologie, la génomique et la virologie :

Les auteurs sont reconnaissants aux équipes et aux groupes qui fournissent des données pour ces analyses, notamment :