Cas humain grave d'infection zoonotique chez le porc

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Lors d'une surveillance de routine au Centre national de la grippe, au Danemark, nous avons détecté un virus zoonotique de la grippe porcine A chez un patient qui est tombé gravement malade. Nous décrivons le tableau clinique et la caractérisation génétique de ce virus variant, qui se distingue d'un autre variant trouvé précédemment au Danemark.

Des infections humaines par les virus de la grippe porcine A (IAV) sont signalées sporadiquement (1–4). Une surveillance accrue a révélé une circulation substantielle de l'IAV porcin dans les troupeaux de porcs et un réassortiment fréquent avec les IAV humains saisonniers (5). Malgré l'absence de transmission interhumaine soutenue des cas de variante du VAI depuis la pandémie de grippe A(H1N1) de 2009, le potentiel zoonotique est préoccupant. Nous rapportons un cas d'infection humaine par un IAV d'origine porcine qui a entraîné une maladie grave chez une personne plus jeune, par ailleurs en bonne santé, employée dans un abattoir de porcs au Danemark. Ce cas a été détecté 10 mois après notre cas signalé précédemment (4). Le patient a donné son consentement éclairé pour la publication de ce rapport de cas.

Le 24 novembre 2021, une personne âgée de ≈ 50 ans a été hospitalisée après une apparition aiguë d'une maladie caractérisée par des étourdissements dans la nuit du 23 novembre 2021, suivis de douleurs thoraciques, de douleurs irradiant vers le bras gauche, de diarrhée et d'un malaise qui développé le lendemain matin, mais pas de fièvre. Le patient a appelé les secours médicaux d'urgence, qui sont arrivés peu de temps après. Pendant le transport en ambulance et à l'arrivée à l'hôpital, le patient a subi des convulsions répétées et a été admis à l'unité de soins intensifs et mis sous ventilation mécanique pour gérer les convulsions et le niveau d'oxygène réduit associé. Des examens cliniques approfondis, tels que des examens de laboratoire (c'est-à-dire des analyses biochimiques, microbiologiques et immunologiques), des examens radiologiques multi-organes et une électroencéphalographie (annexe 1), n'ont identifié aucune maladie cardiovasculaire, rénale, neurologique ou autre pouvant expliquer la maladie grave soudaine. Cependant, un échantillon trachéal prélevé et analysé au laboratoire de microbiologie local s'est avéré positif pour l'IAV (annexe 1). Aucun autre agent microbiologique n'a été détecté, y compris le SRAS-CoV-2 ou d'autres virus respiratoires, et le patient n'a montré aucun signe de pneumonie. Le patient a reçu des médicaments antiviraux (oseltamivir) et divers traitements de soutien, et au cours des 2 jours suivants, l'état clinique s'est amélioré ; le patient est sorti peu de temps après de l'hôpital.

Chiffre

Chiffre. Arbre phylogénétique de probabilité maximale du gène de l'hémagglutinine du virus de la grippe A d'un patient au Danemark (A/Denmark/36/2021), la souche vaccinale saisonnière et les souches étroitement apparentées. L'arbre comprend le cas...

Le matériel d'échantillon restant a été soumis au Centre national danois de la grippe dans le cadre de la surveillance de routine de la grippe. L'échantillon a été confirmé positif pour la souche pandémique H1N1 et a ensuite été analysé par séquençage du génome entier (annexe 1). Des séquences consensus pour le virus nommé A/Denmark/36/2021 ont été téléchargées sur GISAID (https://www.gisaid.org ; isolat no. EPI_ISL_8786194). WGS a confirmé le sous-type H1N1 ; cependant, le virus présentait une similitude plus étroite avec les IAV porcins (Figure) qu'avec d'autres souches humaines. Les recherches BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi) n'ont révélé aucune correspondance étroite avec les séquences IAV dans GenBank ou GISAID, mais une comparaison avec les séquences internes de la surveillance passive des virus de la grippe chez les porcs de Le Danemark a révélé une similitude étroite avec les IAV porcins de 2021 (tableau). Les analyses phylogénétiques ont montré que la plupart des segments de gènes étaient liés au sous-type pandémique H1N1 (clade 1A3.3.2), tandis que la neuraminidase et les segments non structuraux appartenaient au clade 1C de la grippe aviaire porcine de type A(H1N1) (Figure ; Annexe 1 Figures 1– 7). En revanche, un autre virus variant découvert récemment au Danemark avait un segment non structurel du clade 1C, alors que les 7 autres segments de gène étaient liés au clade 1A3.3.2 des virus pandémiques H1N1 (4).

Des entretiens approfondis avec le patient ont révélé une exposition professionnelle aux porcs dans un abattoir de porcs au Danemark, qui semble être le lieu d'infection le plus probable. Le patient a manipulé des porcs vivants, des carcasses et de la viande pendant le processus d'abattage tout en portant un équipement de protection comprenant des gants et une blouse, mais pas de masque facial. Le patient était auparavant en bonne santé, n'avait aucune maladie sous-jacente ni déficience immunitaire et avait reçu le vaccin quadrivalent contre la grippe saisonnière recommandé en octobre 2021.

Aucun autre cas de grippe n'avait été signalé sur le lieu de travail du patient ou parmi ses contacts proches. Au cours de la saison grippale 2021-2022, 16 160 cas de virus de la grippe A sont survenus parmi 244 184 échantillons testés au Danemark ; le sous-type H3N2 était dominant. Aucun autre cas humain de virus de la grippe d'origine porcine n'a été détecté au cours de cette période. Les analyses génétiques et la caractérisation antigénique du virus (annexe 1, tableau 1, figure 8) ont montré plusieurs différences génétiques et antigéniques et ont suggéré une faible réactivité au vaccin humain contemporain contre la grippe saisonnière.

Ce cas signalé est considéré comme indépendant de la variante d'infection précédemment signalée au Danemark (4), car les 2 virus sont génétiquement distincts (tableau). Les symptômes étaient également différents; le premier cas concernait un patient âgé présentant des comorbidités qui souffrait d'un syndrome pseudo-grippal classique, mais dans ce cas, un adulte plus jeune auparavant en bonne santé a présenté une maladie grave et soudaine inhabituelle. Les convulsions associées à la grippe chez l'adulte sont rares (6) et le plus souvent accompagnées de fièvre ou d'encéphalite, ce qui n'a pas été observé chez ce patient.

L'identification de variantes d'IAV souligne le potentiel zoonotique de ces souches et souligne l'importance d'une surveillance continue des IAV humains et porcins. Le cas rapporté suggère qu'il est nécessaire de se concentrer sur l'enregistrement précoce de l'exposition porcine pour les humains atteints d'un syndrome grippal, ainsi que sur des mesures accrues pour réduire le risque d'exposition porcine à l'IAV pour les personnes en contact professionnel avec des porcs.

Mme Andersen est doctorante au Département de technologie de la santé de l'Université technique du Danemark et au Centre national de la grippe du Statens Serum Institut du Danemark. Ses intérêts de recherche sont l'évolution génétique des virus de la grippe A à l'interface homme/porc et l'utilisation de la bioinformatique pour identifier les marqueurs génétiques de la transmission zoonotique.

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Nous remercions les techniciens de laboratoire du National Influenza Center du Statens Serum Institute pour leur assistance technique au laboratoire. Nous remercions également le patient pour sa collaboration lors des entretiens et pour avoir autorisé la publication du cas.

Ce travail a été mené dans le cadre de la surveillance nationale de la grippe au Danemark, qui est financée par le gouvernement, et dans le cadre du projet FluZooMark, financé par la Novo Nordisk Foundation (subvention n° NNF19OC0056326).

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DOI : 10.3201/eid2812.220935

Date de publication originale : 16 novembre 2022

Table des matières – Volume 28, Numéro 12—Décembre 2022

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Veuillez utiliser le formulaire ci-dessous pour envoyer la correspondance aux auteurs ou les contacter à l'adresse suivante :

Klara Marie Andersen, Statens Serum Institut, Artillerivej 5, 2300 Copenhague S, Danemark

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