Une nouvelle grippe se répand des vaches aux États-Unis À quel point devrions-nous être inquiets ? : Chèvres et Soda : NPR

Michaeleen Douclef

En 2011, un agriculteur de l'Oklahoma avait un groupe de porcs malades. Les animaux avaient ce qui ressemblait à la grippe.

"Tout comme une personne atteinte d'une maladie respiratoire, les porcs avaient une respiration difficile, peut-être un écoulement nasal, de la toux et potentiellement de la fièvre", explique le virologue Benjamin Hause.

À l'époque, Hause travaillait pour la société Newport Laboratories, qui développe des vaccins personnalisés pour le bétail. "Nous détecterions et isolerions les agents pathogènes des animaux. Ensuite, nous cultiverions les agents pathogènes en laboratoire, les tuerions et formulerions des vaccins", explique Hause, qui est maintenant cadre chez Cambridge Technologies, une autre société de vaccins.

L'agriculteur de l'Oklahoma a prélevé quelques échantillons du nez des porcs – un peu comme la façon dont vous vous tamponnez le nez pour un test COVID à domicile. Il a envoyé les échantillons à Hause pour qu'il puisse comprendre ce qui rendait les porcs malades.

Virus cachés : comment les pandémies commencent vraiment

NPR exécute une série sur les virus de débordement - c'est à ce moment que les agents pathogènes animaux sautent dans les gens. Les chercheurs avaient l'habitude de penser que les retombées étaient rares. Maintenant, il est clair qu'ils se produisent tout le temps. Cela a changé la façon dont les scientifiques recherchent de nouveaux virus mortels. Pour en savoir plus, nous avons voyagé au Guatemala et au Bangladesh, à Bornéo et en Afrique du Sud.

Hause a immédiatement pensé que le virus de la grippe ordinaire infectait les porcs. "Nous nous attendions à trouver la grippe A", dit-il, "parce que c'est le problème le plus courant". C'est aussi le même type de virus qui cause souvent la grippe saisonnière chez les humains.

Mais quand lui et ses collègues ont développé le virus en laboratoire, ils ont rapidement réalisé qu'ils avaient tort. Hause a été choqué par ce qu'il a vu.

"Je me suis dit : 'Qu'est-ce que c'est que ça ? On n'a jamais rien vu de tel auparavant'", raconte-t-il. "Tout de suite, nous avons eu peur que ce virus puisse infecter les gens."

Pendant des décennies, les scientifiques ont pensé que les virus animaux sautaient rarement aux humains. Ils pensaient que ces retombées étaient extrêmement rares. Mais au cours des dernières années, des études ont montré que cette pensée est erronée.

"Je ne pense pas que [le débordement] soit extrêmement rare", déclare le virologue évolutionniste Stephen Goldstein de l'Université de l'Utah. "Je veux dire, nous le savons parce que quand les gens commencent à chercher, les gens le trouvent."

En fait, il y a probablement tout un groupe de virus animaux qui rendent les gens malades partout dans le monde et dont les médecins ne savent rien. Ils ont été cachés. Ils se font passer pour un rhume, une grippe ou même une pneumonie.

Par exemple, si vous avez une infection respiratoire aux États-Unis, les médecins ne peuvent identifier l'agent pathogène à l'origine de l'infection qu'environ 40 % du temps. Il y a de plus en plus de preuves que les 60% restants des infections pourraient être causées par des virus animaux tels qu'un coronavirus de chien trouvé en Malaisie, en Haïti et en Arkansas, ou même peut-être le même virus que Hause et ses collègues ont trouvé chez ces porcs. Des études récentes ont clairement montré que ce virus flotte dans l'air des fermes et infecte probablement les personnes qui y travaillent.

Hause et ses collègues ont finalement compris qu'ils étaient tombés sur un tout nouveau virus de la grippe, sans rapport avec ceux connus pour infecter les gens. "C'est complètement différent de la grippe A", explique le virologue Feng Li de l'Université du Kentucky, qui a codirigé la découverte du nouveau virus.

Une fois que les scientifiques ont commencé à rechercher des signes d'infection chez d'autres animaux, en plus des porcs, ils l'ont trouvé presque partout où ils regardaient : chez les moutons, les chèvres, les chameaux, les chevaux.

Mais Li dit qu'ils ont décroché le gros lot lorsqu'ils ont regardé un animal en particulier : les vaches.

"Le pourcentage de vaches aux États-Unis qui ont des anticorps contre la grippe D est très élevé", dit-il. "Chaque fois que vous regardez les troupeaux, environ 50% des vaches individuelles ont des niveaux élevés d'anticorps contre ce virus. C'était vraiment surprenant."

Et il ne s'agit pas seulement de vaches en Oklahoma, mais dans tout le pays, d'ouest en est et du nord au sud, dit Li. "De la Californie au Vermont, et du Dakota du Nord au Texas, les vaches sont infectées par ce virus. Elles sont le principal réservoir du virus."

En plus de cela, ce virus est incroyablement stable, dit Li. "Il peut survivre à des températures élevées et dans des environnements acides", dit-il. "C'est pourquoi les scientifiques ont trouvé la grippe D dans l'air des aéroports aux États-Unis". Ils l'ont également trouvé dans l'air des élevages de poulets en Malaisie.

Et donc la question est devenue : si ce virus peut infecter tant d'animaux différents et se retrouve dans tant de vaches, rend-il les gens malades ? Surtout les personnes qui travaillent en étroite collaboration avec les vaches dans les fermes laitières ou les ranchs ?

En 2019 et 2020, des scientifiques de l'Université de Boston ont mené une petite et simple expérience. Ils se sont rendus dans cinq fermes laitières de l'Ouest et du Sud-Ouest, et ils ont lavé le nez des travailleurs avant et après leurs quarts de travail dans les fermes. Ensuite, ils ont cherché la grippe D à l'intérieur des lavages.

Les chercheurs ont étudié seulement 31 travailleurs au cours de cinq jours seulement. Mais ils ont trouvé pas mal de virus. "Nous avons constaté qu'environ les deux tiers des participants ont été exposés à la grippe D à un moment donné au cours de notre période d'étude", explique l'épidémiologiste environnementale Jessica Leibler, qui a dirigé l'étude. Ils ont publié leurs découvertes en novembre dans la revue Zoonoses.

Alors que Leibler et ses collègues n'ont testé qu'un petit nombre de travailleurs, le pourcentage élevé qui avait le virus dans le nez suggère que la grippe D est très probablement courante dans les fermes laitières du sud-ouest. Si le virus était rare dans les fermes, il serait hautement improbable de le trouver par hasard à des niveaux aussi élevés. "Pour moi, les résultats suggèrent que si vous recherchez la grippe D, vous la trouverez probablement", dit-elle.

Désormais, Leibler et son équipe ne recherchaient qu'une exposition à la grippe D. Mais des études antérieures avaient recherché des signes d'infection chez les éleveurs de bétail en Floride. Plus précisément, l'étude a testé les anticorps de la grippe D dans le sang des travailleurs.

"Ils ont trouvé un pourcentage vraiment très élevé de travailleurs avec des anticorps anti-grippaux D", a déclaré Leibler. "Encore une fois, c'était encore une petite étude, mais plus de 90% des travailleurs avaient des anticorps contre la grippe D, ce qui implique que ces travailleurs n'étaient pas seulement exposés, mais qu'ils étaient également infectés."

En revanche, la prévalence des anticorps antigrippaux D chez les personnes qui ne travaillent pas dans les fermes était beaucoup plus faible. Seulement environ 18% de la population générale a montré des signes d'infection, ont rapporté des chercheurs dans le Journal of Clinical Virology.

Maintenant, personne ne sait encore si la grippe D provoque des symptômes chez les humains. Mais dans l'ensemble, ces études indiquent que la grippe D est probablement ce qu'on appelle un virus émergent, dit Leibler. Cela saute aux personnes qui travaillent avec des animaux, comme les producteurs laitiers, mais cela ne se propage probablement pas beaucoup plus loin.

"Cela ne semble pas être quelque chose, en ce moment, auquel le grand public est exposé de manière importante", dit-elle. "Mais c'est quelque chose qui préoccupe ces travailleurs de première ligne exposés dans les fermes."

C'est parce qu'il existe un risque réel que le virus s'adapte aux gens alors que de plus en plus de travailleurs sont infectés, dit-elle. "Les virus de la grippe mutent rapidement et fréquemment. Ainsi, avec le temps, la grippe D peut évoluer. Elle pourrait augmenter sa capacité à infecter les humains et se transmettre plus facilement entre humains ou elle pourrait devenir plus virulente" et commencer à rendre les gens plus malades.

Pour cette raison, Leibler et ses collègues appellent à davantage de recherches et de surveillance sur cette nouvelle grippe pour assurer la sécurité des travailleurs laitiers mais aussi pour s'assurer que le virus ne surprend pas le monde comme le SRAS-CoV-2 l'a fait. .

En fait, dit Stephen Goldstein de l'Université de l'Utah, pour arrêter la prochaine pandémie avant qu'elle ne se produise, les scientifiques et les responsables devraient se concentrer sur ces virus qui ont déjà fait le saut chez les humains au lieu de cataloguer les virus chez les animaux sauvages.

"Faire de la découverte de virus chez les animaux sauvages est intéressant d'un point de vue scientifique, mais du point de vue de la prévision des pandémies, je pense que c'est un concept ridicule", dit-il. "Au lieu de cela, nous avons besoin d'une surveillance - une surveillance active - chez les humains et aussi chez les animaux domestiques."

Actuellement, au moins une entreprise – Cambridge Technologies – travaille sur un vaccin contre la grippe D pour les animaux. Mais en général, très peu de fermes recherchent le virus chez les animaux ou les travailleurs, explique Jessica Leibler.

Pour obtenir des commentaires sur ce sujet, NPR a contacté la National Cattlemen's Beef Association, le groupe de pression des éleveurs de bétail. Un porte-parole nous a référés au département américain de l'Agriculture. L'USDA, ainsi que les Centers for Disease Control and Prevention, ont déclaré dans des courriels qu'à ce stade, il n'y a aucune preuve que la grippe D cause des dommages importants au bétail, il n'y a donc actuellement aucun système de surveillance en place pour du bétail ou des travailleurs.

Comme le souligne Leibler, les responsables et les scientifiques ont longtemps eu une vision similaire des coronavirus – qu'ils n'étaient pas une préoccupation majeure car ils ne provoquaient qu'un rhume.

"Parfois, un virus animal ne semble pas rendre les gens très malades et les scientifiques l'écartent donc comme n'étant pas vraiment important", explique Leibler. "C'est ce que les scientifiques ont pensé pendant longtemps des coronavirus - qu'ils n'étaient pas une préoccupation majeure car ils ne provoquaient qu'un rhume.

"Il n'a fallu qu'une énorme pandémie mondiale pour se rendre compte que les virus peuvent changer très rapidement, et vous ne savez pas quand ils vont changer."

Une version antérieure de cette histoire a mal orthographié le nom de famille de Jessica Leibler sous le nom de Liebler.