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Nous avons isolé 5 virus hautement pathogènes de la grippe aviaire A(H5N1) clade 2.3.4.4.b à partir de fèces de sauvagine sauvage en Corée du Sud en novembre 2022. Le séquençage du génome entier et l'analyse phylogénétique ont révélé de nouveaux génotypes produits par réassortiment avec des virus de la grippe aviaire eurasienne à faible pathogénicité. Une surveillance accrue sera nécessaire pour améliorer les stratégies de prévention et de contrôle.

Les virus de l'influenza aviaire hautement pathogènes (HPAIV) ont causé des pertes économiques importantes dans l'industrie avicole et constituent une menace majeure pour la santé publique. Depuis la première détection du HPAIV A(H5N1) chez une oie en 1996 dans le Guangdong, en Chine, ses descendants ont évolué en plusieurs clades (H0–H9) et sous-clades (1) spécifiques au gène de l'hémagglutinine (HA) provoquant des épizooties intercontinentales (2) . Au cours de plusieurs décennies, les HPAIV H5 ont évolué en plusieurs sous-types et génotypes générés par réassortiment avec des virus de la grippe aviaire à faible pathogénicité (LPAIV), ce qui a conduit à l'émergence du clade 2.3.4.4 HPAIV H5Nx dans l'est de la Chine en 2013-2014 (3).

À la mi-2016, des HPAIV du clade 2.3.4.4b H5N8 réassortis contenant des gènes internes de LPAIV d'Eurasie ont été détectés chez des oiseaux sauvages au lac Uvs-Nuur en Russie et au lac Qinghai en Chine (4); les virus ont provoqué de grandes épidémies en Europe en 2016-2017 (5). Par la suite, divers nouveaux HPAIV H5N8 réassortis ont été détectés en Eurasie (5,6). Fin 2020, de nouveaux HPAIV H5N1 du clade 2.3.4.4b réassortis ont été détectés et sont devenus prédominants en Europe chez les volailles et les oiseaux sauvages (5).

Nous avons isolé 5 HPAIV H5N1 à partir d'excréments d'oiseaux sauvages collectés en Corée du Sud en novembre 2022 (annexe 1) : A/Spot-billed_duck/Korea/K22-730-1/2022(H5N1) [K22-730-1], A/Wild_bird /Corée/K22-742/2022(H5N1) [K22-742], A/Canard à bec tacheté/Corée/K22-856-2/2022(H5N1) [K22-856-2], A/Canard à bec tacheté/Corée /K22-862-1/2022(H5N1) [K22-862-1] et A/Spot-billed_duck/Korea/K22-920/2022(H5N1) [K22-920] (annexe 1, tableau 1). Pour partager rapidement les informations, nous avons effectué le séquençage du génome entier des isolats et déposé les séquences du génome dans la base de données GISAID (https://www.gisaid.org).

Tous les isolats H5N1 ont été classés comme HPAIV sur la base des séquences d'acides aminés du site de clivage HA (PLRPKRRKR/G). Les 5 isolats partageaient des identités de séquence nucléotidiques élevées (99,4 % à ≈ 100 %) sur les 8 gènes de la grippe, à l'exception de l'isolat K22-920 de la protéine de base de la polymérase 1 (PB1), de la protéine acide de la polymérase (PA), de la nucléoprotéine (NP) et gènes non structuraux (NS) (93,0 % à ≈99,0 %). Les résultats de la recherche BLAST (https://blast.ncbi.nlm.nih.gov) ont montré que les gènes de la protéine HA, de la neuraminidase et de la matrice (M) de tous les isolats avaient > 99,1 % d'identité avec les HPAIV du clade 2.3.4.4b de 2021 à 2022 (tableau 1). Les gènes PB1, PA, NP et NS de tous les isolats étaient très similaires (98,72 % à 99,52 %) ​​aux LPAIV 2019-2022 d'Asie de l'Est. Les gènes PB1, PA, NP et NS de K22-920 étaient similaires aux LPAIV 2019-2020 de Corée du Sud, de Russie et du Bangladesh (> 98,4 % à 99,3 %).

Figure 1

Figure 1. Analyse phylogénétique de nouveaux virus hautement pathogènes de la grippe aviaire A(H5N1) clade 2.3.4.4b trouvés dans les excréments d'oiseaux sauvages en Corée du Sud, novembre 2022. A) Représentation schématique de l'origine des isolats de virus...

Dans les analyses phylogénétiques à vraisemblance maximale, les gènes PB2, HA, neuraminidase et M des 5 virus H5N1 de Corée du Sud se sont regroupés avec ceux des virus précédemment décrits comme génotype G10, identifiés en Chine entre 2022 et 2023 (Annexe 1 Figures 1 à 8) ; G10 est un réassortiment naturel H5N1 HPAIV contenant le gène PB2 des LPAIVs (7). les gènes PB1, PA, NP et NS de tous les virus H5N1 de Corée du Sud, à l'exception de K22-920, regroupés avec ceux des LPAIV d'Asie ; ces segments de gènes dans K22-920 se sont regroupés séparément avec d'autres LPAIV d'Asie, y compris la Corée du Sud, la Russie et le Bangladesh (annexe 1, figures 2, 3, 5, 8). La phylogénie bayésienne du gène HA a indiqué que les virus H5N1 de Corée du Sud formaient un groupe bien soutenu ; le temps jusqu'à l'ancêtre commun le plus récent a été estimé au 11 août 2022 (95% de densité postérieure la plus élevée du 11 juin au 11 octobre 2022), ce qui suggère que ces HPAIV H5N1 ont très probablement émergé 1 à 2 mois avant la migration automnale des oiseaux sauvages vers la Corée du Sud (Figure 1; Annexe 1 Figure 9). Les isolats de Corée du Sud partageaient une ascendance commune récente avec le virus A/Jiangsu/NJ210/2023(H5N1) ; l'heure de l'ancêtre commun le plus récent entre eux était le 12 avril 2022 (densité postérieure la plus élevée de 95% du 26 décembre 2021 au 28 juillet 2022), ce qui suggère que les HPAIV H5N1 ancestraux circulaient sans être détectés depuis ≈ 7 mois.

Les HPAIV H5N1 de Corée du Sud contenaient des acides aminés dans HA avec une affinité de liaison pour les récepteurs aviaires d'acide sialique liés à α-2,3 (T118, V210, Q222 et G224) (numérotation H5) (8,9). Ils avaient également 2 substitutions d'acides aminés HA, S113A et T156A, associées à une affinité de liaison accrue aux récepteurs humains de l'acide sialique liés à l'α-2,6 (annexe 1, tableau 2). Les 5 isolats avaient des substitutions d'acides aminés qui comprenaient A515T dans PA, connu pour augmenter l'activité de la polymérase dans les cellules de mammifères, et N30D, I43M, T215A dans MP1 et L89V dans PB2, connu pour augmenter la virulence chez la souris (Annexe 1, Tableaux 2, 3).

Le réassortiment HPAI/LPAI des HPAIV H5Nx clade 2.3.4.4b a créé un pool génétique diversifié de virus H5 clade 2.3.4.4 qui ont continuellement émergé dans divers pays (1). Clade 2.3.4.4 H5N8 HPAIV isolé du lac Uvs-Nuur en Russie avait réassorti les gènes H3N8 LPAIV de Mongolie (4). En Europe, les HPAIV identifiés en 2020 (5,6) ont été produits par réassortiment entre le clade 2.3.4.4b HPAIV et les LPAIV d'Eurasie. De nouveaux réassortiments de clade 2.3.4.4 HPAIV et LPAIV d'Eurasie ont également été détectés en 2016 (10), en 2020-2021 (annexe 1 référence 1) et fin 2021 (annexe 1 référence 2) en Corée du Sud. Compte tenu de l'émergence continue et de la diffusion mondiale de nouveaux virus réassortis du clade 2.3.4.4b HPAI H5Nx, une surveillance active renforcée chez les animaux sauvages et les volailles domestiques sera nécessaire pour surveiller l'introduction, la diffusion et l'évolution des HPAIV et fournir des informations pour améliorer la prévention et le contrôle. stratégies.

M. Lee est candidat au doctorat à l'Université Konkuk, Séoul, Corée du Sud. Ses principaux intérêts de recherche portent sur l'épidémiologie moléculaire et les interactions hôte-pathogène des virus de la grippe aviaire.

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Nous remercions nos collègues du monde entier pour leurs contributions de laboratoire, qui sont mises à disposition via GISAID (Annexe 2).

Cette recherche a été soutenue par le Bio and Medical Technology Development Program de la National Research Foundation, financé par le gouvernement sud-coréen (subvention n° NRF-2018M3A9H405635).

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Citation suggérée pour cet article : Lee SH, Cho AY, Kim TH, Ahn SJ, Song JH, Lee H, et al. Nouveau virus hautement pathogène de la grippe aviaire A(H5N1) clade 2.3.4.4b chez les oiseaux sauvages, Corée du Sud. Urgence Infect Dis. juil. 2023 [date citée]. https://doi.org/10.3201/eid2907.221893

DOI : 10.3201/eid2907.221893

Date de publication originale : 19 mai 2023

Table des matières – Volume 29, Numéro 7—Juillet 2023

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Dong-Hun Lee, Wildlife Health Laboratory, College of Veterinary Medicine, Konkuk University, Seoul, Corée du Sud

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